Van Hagerbeer-orgel
De Pieterskerk kende reeds in de middeleeuwen een intensieve muziekbeoefening. Binnen de kerkmuren bloeide een respectabele koorcultuur en er klonk orgelmuziek van hoog niveau. Hoewel de allervroegste geschiedenis in nevelen is gehuld, is bekend dat omstreeks 1446 tegen de westgevel een groot orgel werd gebouwd door een totnogtoe onbekende bouwer. Het is een unieke omstandigheid dat een gedeelte van het pijpwerk van dát orgel nog steeds aanwezig is. De pijpen orgelpijpen uit 1448 zijn van Jacob van Bilsteijn. Deze zijn uniek omdat het makerszegel aan de binnenkant zit. De pijpen behoren tot de oudste nog klinkende ter wereld.
Na het instorten van de de toren van de kerk in 1512 werd het orgel in 1518 gerenoveerd door de beroemde Jan van Covelen. Het bestond toen uit drie manualen en vermoedelijk een of meer pedaalregisters. Het is onduidelijk of Van Covelen de bestaande orgelkast handhaafde. In 1541 werd het orgelmeubel in ieder geval ingrijpend vernieuwd, althans wat het rugpositief betreft. Bij die gelegenheid werd ook een nieuw sofiet, het netwerk onder het rugpositief, aangebracht. Uiterlijk heeft het rugwerk nog steeds de toen tot stand gebrachte renaissancegedaante.
Met het oog op de kort tevoren geïntroduceerde gemeentezangbegeleiding door het orgel droegen de Leidse burgemeesters in 1638 de totale renovatie van het orgel op aan Galtus en Germer van Hagerbeer, de beroemdste Hollandse orgelmakers van die tijd. De werkzaamheden vonden plaats tussen 1639 en 1643. Allereerst werd een nieuwe hoofdkast vervaardigd door de Leidse stadsarchitect Arent van 's-Gravensande. De indrukwekkende orgelkast is net als die van Alkmaar en 's-Hertogenbosch een 24-voets werk (dit verwijst naar de hoofdmaat van de grootste pijp), gebouwd in de voorname classicistische stijl van de Hollandse Gouden Eeuw, met luiken zowel aan het grote orgel als aan het rugpositief.
De Van Hagerbeers maakten een orgel met veel soloregisters, waarvan in die tijd de Vox Humana en Sexquialter erg populair waren. Het orgel moet een grote kracht hebben gehad, want op het hoofdwerk kwamen zowel een Mixtuur als een Groot Scherp en klein Scherp voor. De orgelbouwers gebruikten voor vernieuwing een aanzienlijk deel van het oude pijpwerk. Vanwege voortdurende veranderingen in smaak en muzikale appreciatie bleef het orgel niet in zijn oorspronkelijke toestand bewaard. Tot aan 1800 waren de wijzigingen in aard en omvang nog beperkt, de periode daarna gaf echter een gestadige versobering van kleur en klankpracht te zien. Dit begon met de verkoop van de luiken in 1807. Het meest ingrijpend was de verbouwing door de gebroeders Lohman in 1843-1846: het orgel werd voorzien van een nieuw concept, aangepast aan de klankkleur en samenstelling van het romantische symfonieorkest. De gehele inwendige aanleg werd gewijzigd. Het aantal pijpen werd uitgebreid tot circa 3500. De meeste laden (deze verzorgen de luchttoevoer naar de pijpen) werden vervangen. De hoofdwerkladen werden bovendien in de lengteas van de kerk opgesteld, hetgeen een ongunstig effect op de klankwerking heeft. Ook bouwden de gebroeders Lohman een pedaal volgens actuele inzichten en vervingen zij een aantal tongwerken. Het is een gelukkige omstandigheid dat deze orgelbouwers, ondanks hun verder weinig gelukkige ingrepen, het grootste deel van de oude pijpen handhaafden.
Exact honderd jaar later, van 1943 tot 1946, vond een ingrijpende restauratie plaats door G. van Leeuwen. Hoewel de historische pijpen bewaard zijn gebleven, vonden er tamelijk rigoureuze ingrepen plaats om de klank naar het ideaal van de eigen tijd om te buigen. Ook werd het mechanische overbrengsysteem uitgebreid met onder meer pneumatiek en Barker-hefbomen. Tussen 1994 en 1998 vond opnieuw een grootscheepse restauratie plaats, uitgevoerd door de firma Verschueren te Heythuysen. Het orgel is daarbij zonder compromissen teruggebracht in z'n 17e-eeuwse staat. Daarmee is dit enige nog bestaande echt Hollandse stadsorgel een ideaal en uniek medium voor de vertolking van oude orgelmuziek. Voor het Van Hagerbeerorgel heeft de Pieterskerk een orgeltrappersgilde.
Titulair-organist van het Van Hagerbeer-orgel is Leo van Doeselaar
Restauratie en schilderwerk Van Hagerbeer-orgel
Dispositie Van Hagerbeer-orgel na restauratie
Dispositie en registerschema Van Hagerbeer- orgel (pdf)
Voor de uitvoering van muziek uit latere perioden beschikt de Pieterskerk over het Thomas Hill-orgel.
