Het schip
Het schip is de indrukwekkende centrale ruimte van de Pieterskerk. Aan weerskanten van het schip zien we het Van Hagerbeer orgel en het Thomas Hill orgel en vele kunstschatten waaronder:
Graven
Rouwborden
De kansel
De Leidse mummie

Graven
In de Middeleeuwen was het gebruikelijk om de doden in en om kerken te begraven. In het schip van de Pieterskerk is een aantal zerken bewaard gebleven. Grafstenen werden vaak meermalen gebruikt. De oude steen werd afgehakt of men beitelde een nieuwe inscriptie over de vorige. Soms draaide men de zerk om en werd de achterzijde gebruikt. De registratie van gehuurde of eigen graven gebeurde door vermelding in de grafboeken.
Veel mooie, rijk gebeeldhouwde graven zijn in de tijd van de Franse overheersing zwaar beschadigd. In deze tijd van 'vrijheid, gelijkheid en broederschap' werden onder het motto van gelijkheid adellijke titels en familiewapens weggehakt. Ook wapenborden verdwenen massaal uit de kerken. Ooit hebben er meer dan 450 in de Pieterskerk gehangen. In 1869 kwam er een begrafeniswet die het begraven in kerken definitief verbood. Vanaf dat moment werden op grote schaal begraafplaatsen buiten de stad aangelegd.
Door de aanwezigheid van een universiteit in Leiden zijn veel geleerden in de Pieterskerk begraven. De mooiste zerken liggen in het koor maar zijn helaas niet te zien. Veel zerken zijn in de loop der eeuwen afgesleten, verdwenen of gebruikt voor andere doeleinden.
Zie ook Begraven in de kerk.
Rouwborden
Veel mensen zijn in de Pieterskerk begraven. Omdat men bang was dat men door de dood in vergetelheid zou raken, liet men zijn naam en blazoen op het eigen graf of dat van familieleden beitelen.
Voor aanzienlijke mensen bestond er ook de mogelijkheid om een rouw- of memoriebord in de kerk op te hangen, zodat men tot in de verre toekomst kon zien wie de betrokkene geweest was, en hoe aanzienlijk!
Het was dan ook zaak, de aanzienlijkheid op het rouwbord tot uitdrukking te laten komen. Was men aanzienlijk door de verrichtingen tijdens het leven, dan werd op zo'n bord in een tekst breed daarover uitgemeten.
Was men aanzienlijk door geboorte (adel en patriciaat), dan werd doorgaans volstaan met het vermelden van de afkomst. Dit gebeurde niet in tekst, maar door middel van een afbeelding van de heraldische wapens van de voorouders. Fraaie voorbeelden van rouwborden zijn te zien in de zuiderzijbeuk van het dwarsschip.
De kansel
De bijzonder rijk gesneden laatgotische kansel dateert van 1532. Het ontwerp ervan wordt toegeschoven aan Pieter Cornelisz Kunst, zoon van de vermaarde schilder Cornelis Engebrechtsz. De achthoekige eikehouten kuip van de preekstoel rust op een natuurstenen voet en wordt door twee basementen doorbroken. De kuip heeft panelen met laatgotisch houtsnijwerk waarin al renaissancevormen zoals balusters te zien zijn. Op de voetstukken hebben vermoedelijke beelden gestaan.
De bijzonder rijk gesneden laatgotische kansel dateert van 1532. Het ontwerp ervan wordt toegeschoven aan Pieter Cornelisz Kunst, zoon van de vermaarde schilder Cornelis Engebrechtsz. De achthoekige eikehouten kuip van de preekstoel rust op een natuurstenen voet en wordt door twee basementen doorbroken. De kuip heeft panelen met laatgotisch houtsnijwerk waarin al renaissancevormen zoals balusters te zien zijn. Op de voetstukken hebben vermoedelijke beelden gestaan.
De Leidse mummie
Tijdens de restauratiewerkzaamheden in 1979 vonden arbeiders bij het openen van de houten vloer in het middenschip nabij de preekstoel een gemummificeerd stoffelijk overschot. Lees meer over deze Leidse mummie onder Kunstschatten.