Interieur
Veranderingen in het interieur
Het interieur van de kerk is in de loop der eeuwen sterk veranderd. Tot 1572 was de inrichting katholiek. Er moeten ongeveer dertig altaren hebben gestaan en meer dan vijftig heiligenbeelden. Van dat middeleeuwse interieur is niet veel over, maar wat rest is van bijzondere kwaliteit: de preekstoel (met 17de eeuwse toevoeging), de kaarsenkroon in de voormalige doopkapel en het koorhek (met latere aanpassingen). Gered van de beeldenstorm zijn Het Laatste Oordeel van Lucas van Leyden en het Van der Does/Van Poelgeest-drieluik van Cornelis Engebrechtsz. Deze schilderstukken hangen nu in het Stedelijk Museum De Lakenhal; in de kerk bevinden zich fotografische kopieën.
Ten tijde van de hervorming was de inrichting van de Pieterskerk sober: er hingen gildeborden, ter vervanging van de gildenaltaren, en rouwborden. De rouwborden zijn bijna allemaal verdwenen. In de negentiende eeuw plaatste men midden in de kerk, rond de preekstoel, een grote kuip met zitplaatsen voor de kerkgangers. Restanten van deze kuip treft men aan in het koor.
In 1975 kwam de Pieterskerk in het bezit van de Stichting Pieterskerk Leiden. De inrichting is nu aangepast aan het huidige, multifunctionele gebruik.