In de kooromgang bevindt zich het enige (nog bestaande) gebrandschilderde raam van de Pieterskerk. Het werd in 1940 aangebracht ter gelegenheid van de vierhonderdste geboortedag van Filips van Marnix van St. Aldegonde (beroemd staatsman en de vermoedelijke schrijver van het Wilhelmus) en aangeboden ter gelegenheid van het 365-jarig bestaan van de Leidse universiteit. Marnix van St. Aldegonde overleed in Leiden in 1598 en is in de Pieterskerk begraven. Het raam is ontworpen door George Rüter en vervaardigd door atelier W. Bogtman te Haarlem. Alle oudere gebrandschilderde ramen van voor de reformatie zijn verloren gegaan, de meeste sneuvelden bij de ramp met het kruitschip in 1807.